医院净化工程是医疗专项设计的重要组成部分，在整个设计阶段也占有重要地位。在上海市人民医院改扩建工程中，净化工程的主要设计和施工范围为三层洁净手术部、中心供应部和四层洁净手术部，主要设备布置在五层裙房。
在土木工程阶段，在净化工程专业分包干预之前，土木工程设计单位已开始确定床位数、手术室数量、等级等关键指标，严格遵循相关规范和流程，符合医院的使用习惯和要求，同时适合项目建筑设计的外部约束条件和建筑设计意图、清洁手术部、供应中心这两个净化区土木工程专业设计。
其中，在建筑设计中，特别是平面设计中，建筑师结合项目的实际特点，与医院确定了以下设计原则。
(1)病人、医疗、物流与现有院区相连的原则。
作为现有院区的补充和扩展，本项目的任何功能都是与现有功能密切相关的有机体。因此，洁净手术部和中心供应的设置和设计需要与现有院区的功能和流线有关。
根据这一原则，建筑师将这两个功能块设置在三层和四层，并通过走廊与现有的医院区域连接起来。其中，三层为医疗、物流连接口，四层为外科患者连接口。整个净化区的后续内部设计以这两个连接口为中心，围绕患者、医疗、物流三大流线进行内部平面设计。
(2)清洁手术部上下两层，设置清洁电梯、楼梯的原则。
本项目土地紧张，包含保留建筑，裙房面积狭窄，仅一层远不能满足项目建议书和可行性研究报告确定的手术室数量，上下布局是不可避免的选择。为此，建筑师专门设置了两部净化电梯，一部作为患者与清洁物流之间的垂直交通联系，另一部作为卫生通过后两层之间的垂直交通联系。垂直交通与水平流线相结合，形成满意度“洁污分流”所需的立体流线系统。
(3)中心供应与清洁手术部同层，设置清洁、污染电梯的原则。
项目中心的供应不仅服务于清洁手术部门，还服务于塔楼的病房和整个现有的医院区域。但考虑到中心供应与清洁手术部门的医疗技术密切相关，高效实用的要求更高，两者仍在同一层。
根据上述原则，建筑师形成了相对成熟、高可实施性的净化工程区域布局，作为后续专业分包深化设计的原则、依据和基础。在土木工程设计与专业分包合作过程中，各方也达成了以下设计原则，有利于项目的推广。
(4)土建设计成果应合理、成熟、适用。
专业分包的进入并不意味着土木工程设计可以少做甚至不做特殊设计。相反，土木工程设计应为专业分包的深化设计提供完整的基本条件和设计结果，以更好地控制专业分包的设计和施工质量、进度和成本。以此为目标，建筑师领导土木工程专业工程师团队，在土木工程设计阶段形成了完整的净化工程设计结果。该结果不仅符合建筑设计的相关规范，符合建筑师的设计意图，满足医院的使用需求，而且达到了深化设计的深度。净化工程专业分包招标文件的形成，很好地控制了专业分包招标过程和中标人后续的深化设计过程。
(5)土建设计预留专业分包条件。
净化工程专业分包作为设计施工一体化的分包商，其设计结果与设施设计院后续招标采购的各种设备和医疗设备密切相关。因此，在土木工程设计阶段，需要为这些未确定因素提供的预留条件。本项目土木工程设计建筑师和工程师通过以往的工程经验，结合医院以往的使用经验，对净化区域的荷载、设备基础、悬挂、预埋、孔洞、板等相关因素进行了预估、预留和预设，确保后续采购的产品能够与土木工程设计无缝衔接。